便秘从病因上可分为器质性和功能性两类。
1.器质性
（1）肠管器质性病变肿瘤、炎症或其他原因引起的肠腔狭窄或梗阻。
（2）直肠、肛门病变直肠内脱垂、痔疮、直肠前膨出、耻骨直肠肌肥厚、耻直分离、盆底病等。
（3）内分泌或代谢性疾病糖尿病、甲状腺功能低下、甲状旁腺疾病等。
（4）系统性疾病硬皮病、红斑狼疮等。
（5）神经系统疾病中枢性脑部疾患、脑卒中、多发硬化、脊髓损伤以及周围神经病变等。
（6）肠管平滑肌或神经源性病变。
（7）结肠神经肌肉病变假性肠梗阻、先天性巨结肠、巨直肠等。
（8）神经心理障碍。
（9）药物性因素铁剂、阿片类药、抗抑郁药、抗帕金森病药、钙通道拮抗剂、利尿剂以及抗组胺药等。
2.功能性
功能性便秘病因尚不明确，其发生与多种因素有关，包括：
（1）进食量少或食物缺乏纤维素或水分不足，对结肠运动的刺激减少。
（2）因工作紧张、生活节奏过快、工作性质和时间变化、精神因素等干扰了正常的排便习惯。
（3）结肠运动功能紊乱所致，常见于肠易激综合征，系由结肠及乙状结肠痉挛引起，除便秘外同时具有腹痛或腹胀，部分病人可表现为便秘与腹泻交替。
（4）腹肌及盆腔肌张力不足，排便推动力不足，难于将粪便排出体外。
（5）滥用泻药，形成药物依赖，造成便秘。
（6）老年体弱、活动过少、肠痉挛导致排便困难，或由于结肠冗长所致。
3.分类
便秘按发病机制主要分为两大类：慢传输型和出口梗阻型。
（1）慢传输型便秘是由于肠道收缩运动减弱，使粪便从盲肠到直肠的移动减慢，或由于左半结肠的不协调运动而引起。最常见于年轻女性，在青春期前后发生，其特征为排便次数减少（每周排便少于1次），少便意，粪质坚硬，因而排便困难；肛直肠指检时无粪便或触及坚硬粪便，而肛门外括约肌的缩肛和用力排便功能正常；全胃肠或结肠传输时间延长；缺乏出口梗阻型的证据，如气囊排出试验和肛门直肠测压正常。增加膳食纤维摄入与渗透性通便药无效。糖尿病、硬皮病合并的便秘及药物引起的便秘多是慢传输型。
（2）出口梗阻型便秘是由于腹部、肛门直肠及骨盆底部的肌肉不协调导致粪便排出障碍。在老年患者中尤其常见，其中许多患者经常规内科治疗无效。出口梗阻型可有以下表现：排便费力、不尽感或下坠感，排便量少，有便意或缺乏便意；肛门直肠指检时直肠内存有不少泥样粪便，用力排便时肛门外括约肌可能呈矛盾性收缩；全胃肠或结肠传输时间显示正常，多数标记物可潴留在直肠内；肛门直肠测压显示，用力排便时肛门外括约肌呈矛盾性收缩或直肠壁的感觉阈值异常等。很多出口梗阻型便秘患者也合并存在慢传输型便秘。
引起便秘的原因很多，但归结起来可分为功能性便秘和器质性便秘两种。有些人生活缺乏规律性，不能养成每天定时进餐和排便的习惯，还经常不吃早饭；有些人偏食，不爱吃蔬菜和水果，水也喝得很少；有些人整天工作忙碌，精神紧张，焦虑，烦恼，睡眠和休息也不好。这些人很容易发生功能性便秘，这种便秘是由肠功能紊乱引起的。
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正常人的排便感觉是由粪便进入直肠对直肠壁的扩张刺激所引起的。人们习惯每天早上起床后排便，是因为人从卧位转为直立位后，下端结肠内的粪便进入直肠，因此很自然就能产生排便的感觉。如果每天起床后排便，并养成习惯，那自然就不会发生便秘；但如果在出现排便感觉时经常有意识地去抑制住不排，时间久了，就会使直肠壁对粪便刺激的敏感性下降，便秘就很容易发生。如果粪便滞留在结肠内，由于结肠具有很强的吸收水分的能力，可使粪便变干硬而进一步增加排便困难。
此外，经常便秘的人在排便时会产生紧张心理，而心理上越紧张，便秘就越容易发生，形成恶性循环。但功能性便秘是容易纠正的，关键在于去除上述各种原因。
器质性便秘是由于肠道疾病引起的，如肠肿瘤、肠梗阻、肠扭转等，发生器质性便秘时必须尽快去医院诊治。
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